À partir de 1996, l'Atlas se retrouva au cœur d'un débat éthique. Le Dr Howard Israël de l'Université de Columbia révéla que les corps utilisés pour l'Atlas pouvaient avoir été ceux de prisonniers politiques.
En se plongeant dans de vieilles éditions de l'Atlas, le Dr Israël constata la présence de nombreux symboles nazis dans les illustrations.
À l'issue d'une enquête de l'université de Vienne en 1997, à la demande du Dr Israël en particulier, il apparaît que pas moins de 1 377 corps de prisonniers politiques furent utilisés5, pour au moins 800 illustrations, mais le centre Simon-Wiesenthal estime qu'aucun des corps utilisés est celui de juifs autrichiens2.
Depuis, un débat existe pour savoir s'il est éthique ou non d'utiliser le fruit de travaux médicaux nazis6,1. Pour ceux qui s'opposent à son utilisation, on met en avant le fait que des alternatives satisfaisantes existent comme le Visible Human Project. De ce fait, utiliser l'Atlas reviendrait à être complice des crimes commis. Pour d'autres l'Atlas, comme outil, doit être distingué de ses concepteurs, d'autant plus qu'il reste toujours extrêmement précis, en particulier pour la structure neuro-vasculaire, comme l'estime le Dr Sabine Hildebrandt.
https://archive.org/details/pernkopf-atlas-danatomie-humaine-vol.-1/mode/2up
https://archive.org/details/pernkopfvol.2
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